怎么从ncbi上下载转录组数据,如何在ncbi上查找某基因的序列

怎么从ncbi上下载转录组数据,如何在ncbi上查找某基因的序列

如果是做数据挖掘，可以直接选择NCBI上的SRA直接搜索。搜索完成后，可以进一步筛选数据。这种方法比较适合下载大型数据库，如NT、NR数据库，或者下载大量数据。 情况404方法4EntrezDirectDownloadBatchEntrez是NCBI官方提供的下载工具。 支持网页和命令行两种调用方式

∪△∪ 您可以找到您需要的数据并点击下载。建议使用NCBI官方提供的SRAToolkit工具进行下载。 1.下载sratoolkit(ubuntu22.04系统)#下载sratoolkit，解压wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.g1，从文献中获取数据https://ncbi.nlm.nih/geo/根据文献中的GEO登录，进入上述网址，如GSE50177，搜索到这组数据。 您可以在示例中看到六个数据，前两个是ChIP-seq

1.打开NCBI官方网站https://ncbi.nlm.nih2.搜索您要下载的数据（PS：可以是项目编号或SSR编号）03.输入您要下载的项目编号或数据名称，点击"SRA"，进入主页并选择每个页面显示的编号。首先打开NCBI，在搜索框中选择【基因组】，然后输入您要下载的物种的拉丁名。 如果NCBI未包含该物种的基因组信息，例如输入芥末、Brassicajuncea的拉丁名，搜索结果将如下：

⊙ω⊙ 原文链接：1.从NCBI下载SRA数据|转录组上游分析教程系列##安装lftpcondainstall-ylftp(base)PowerEdge-R840:~$condainstall-ylftp收集包元数据(curre1,进入NCBISRA数据库搜索在项目界面中输入SRP编号。SRP编号一般可以在文章中找到。现在大多数期刊都要求作者将测序数据上传到publicdata基地并提交获得的SRP编号（排序）或GSE编号（芯片）